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检测技术研究室跟踪检测技术前沿，结合现代仪器设备手段，重点开展检测技术新方法研究、农产品质量安全风险评估、对影响农产品质量与农业环境质量安全的因素进行检测与确认、通过现有的相关检测标准和方法进行实验室重现和公益性服务等。
农产品安全室，围绕农产品质量安全、检测与溯源领域的科技需求，开展农产品质量安全风险评估、农产品真实性溯源和生化快速检测技术研究。
质量与标准研究室，围绕农产品中生物毒素控制与品质评价等方面开展研究
